Los tlaxcaltecas le dijeron a los españoles que estaban rodeados de enemigos que hace tiempo habían jurado obediencia al imperio azteca. Ellos los instaron para que marcharan en contra de primero Cholula primero y prometieron proveerles un ejército. Cuando Cortés y su ejército Indio-Español aliado llegó a Cholula, los nobles los saludaron ante el gran templo del dios Quetzalcoatl. Entonces empezó la matanza. El cholulteca no lo había provisto y miles de ellos fueron masacrados brutalmente. Los conquistadores justificaron la muerte de los cholultecas como castigo por haber ejecutado al embajador tlaxcalteca y por conspirar la muerte de Cortés. Cuando la gente de Tenochtitlán escuchó lo del asesinato, estaban llenos de temor.

Motecuhzoma despachó a sus hombres nobles para reunirse con Cortés en un paso entre los volcanes de Iztaccihuatl y Popocatepetl. Con ofrendas de oro, los aztecas atentaron disuadir a los invasores de marchar adentro de la cuenca de México.

"Ellos se apoderaron del oro como si fueran monos. Claramente su sed por el oro era inextinguible, ellos estaban hambrientos, lo codiciaron y se llenaron de él." (Códice Florentino).

Un señor intentó engañar a los españoles diciendo que era el emperador azteca pero los tlaxcaltecas lo delataron como impostor y los invasores marcharon hacia adelante.

Aconsejados por sus aliados de acercarse a Tenochtitlán desde el sur, Cortés encontró poca resistencia y en noviembre 8 de 1519 Cortés cruzó la calzada Cuitlahuac sobre el lago Texcoco para entrar a Tenochtitlán.

Motecuhzoma personalmente fue a encontrarse con Cortés y sus hombres. Él les dio guirnaldas de flores, les colgó collares de oro alrededor de sus cuellos y les dio regalos de todo tipo. Doña Marina interpretó lo que Motecuhzoma le decía a Cortés:

"Señor, usted está cansado. La jornada lo ha cansado, pero ahora usted ha llegado a tierra. Usted ha llegado a su ciudad de México."

Entonces Cortés respondió a través de Marina:

"Dile a Motecuhzoma que nosotros somos sus amigos que no hay de que temer. Nosotros hemos esperado mucho tiempo para conocerlo." (Códice Florentino)

Motecuhzoma jugó el papel de anfitrión amable y permitió que los españoles ocuparan un palacio mientras que atendía todos sus deseos. Pero dentro de una semana Cortés se apoderó del emperador, lo encadenó y lo retuvo como rehén. Los vasallos de Motecuhzoma estaban enojados con el emperador por mostrar tal debilidad y se retiraron de la ciudad.

Los españoles pronto cuestionaron a Motecuhzoma acerca del oro. Después de muchos días Motecuhzoma le mostró a Cortés una casa con un tesoro llena con objetos preciosos. Los españoles inmediatamente emprendieron fuego y derritieron todo el oro en barras. Los tlaxcaltecas tomaron el jade porque pensaron que tenía más valor.

Los aztecas se negaron a atender a los españoles "Ninguno de nosotros se atrevió a entrar al palacio porque estábamos aterrorizados, aturdidos… apenas dejamos el palacio llenos de miedo." (Códice Florentino)

En abril 20 de 1520, Pánfilo de Narváez aterrizó en Veracruz con órdenes del gobernador de Cuba de arrestar a Cortés por desobedecer órdenes. Cortés decidió dejar la guarnición de Tenochtitlán a Pedro de Alvarado, para tratar directamente con esta nueva amenaza de Narváez.

Los aztecas estaban indignados y llevaron a los españoles de regreso a sus palacios donde fueron asediados. Los españoles ahora estaban atrapados bajo fuerza y rodeados por enemigos hostiles que no respetaban más los deseos de su propio emperador. El señor Itzquauhtzin, que también era un rehén intentó hacer paz y gritó desde el palacio:

"Hombres de Tenochtitlán! Su gobernante, el señor de todos los hombres Motecuhzoma les pide. Nosotros no somos iguales a los españoles. Abandonen la batalla…de otra manera la sentencia será su destino". (Códice Florentino)

Pero los aztecas no respetaban más los deseos de su emperador y en el palacio piedras y flechas. Estaban furiosos. Cazaban y mataban a cualquiera que sospechaban de ayudar a Motecuhzoma y a los otros rehenes.

Cuando Cortés regresó, los aztecas le permitieron entrar al palacio entonces el también fue atrapado. Una batalla fuerte continuó por muchos días.

"Todos ellos cayeron adentro, los tlaxcaltecas, los criados españoles, los jinetes españoles, las mujeres; todos se enredaban y se caían a la orilla como si hubieran sido empujados de un precipicio. El canal estaba lleno de muertos y los que llegaron de último pasaban por encima de los cuerpos de sus compañeros para hacer el cruce." (Códice Florentino)

Los pocos sobrevivientes alcanzaron Otoncalpolco sobre la orilla occidental del lago Texcoco, y allí ellos recibieron comida y provisiones de la gente de un reino cercano. Estas gentes buscaron aliarse con los españoles así como hicieron los tlaxcaltecas.

Los españoles no tenían otra opción que huir al norte y tratar de escapar de nuevo a Tlaxcala. Pero a todas partes que llegaban, los indios evacuaban sus pueblos para esconderse en las montañas. El ejército azteca alcanzó a los españoles y al alba los tomó de sorpresa en la montaña de Tonan. La batalla duró varias horas y los aztecas casi tuvieron éxito. Entonces Cortés vio al comandante azteca en una colina cercana, lo puso al lomo de un caballo y lo mató. El ejército se desorganizó y los españoles escaparon.

En diciembre de 1520, el nuevo emperador azteca Cuitlahuac sucumbió a la viruela y Cortés empezó su marcha una vez más a Tenochtitlán.

Reforzado con miles de tropas indígenas de estados-ciudades de enemigos que buscaron destruir la capital azteca, los españoles dividieron su ejército y avanzaron hacia Texcoco and Tlacopan.

En febrero de 1521, Cuauhtemoc fue nombrado emperador.

Los españoles habían construido barcos, doce en total, y los lanzaron al lago. Cortés estuvo investigando donde los canales eran rectos y suficientemente profundos para atacar Tenochtitlán por tierra y agua. Los aztecas los atacaron a ellos primero.

Cada día Cortés daba órdenes de llenar los canales para que su caballería pudiera llegar al centro de la ciudad. En la noche sin embargo los aztecas simplemente removían las piedras y abrían las brechas en las calzadas. Pero, todo lo que hacían era prolongar sus sufrimientos.

Los españoles pusieron a sus aliados a trabajar en desmantelar la ciudad, piedra por piedra. Muchos de los aztecas huyeron al norte para fortificar el gran lugar de mercado de Tlatelolco. Pero el sufrimiento era tan grande que miles morían de hambre.

Rodeados en Tlatelolco, los señores aztecas decidieron rendirse en agosto 13 de 1521.  El emperador Cuauhtemoc se fue en canoa y fue llevado a Cortés.

"Y así la guerra terminó, bajamos los escudos. ¡Hemos sufrido suficiente! algunos huyeron por el lago otros por las calzadas. Los españoles paraban gente en todas partes, buscando oro. Ellos despojaban a las mujeres incluso revisaban sus bocas. En cuanto a los hombres muchos eran tomados y marcados con hierro en las mejillas." (Códice Florentino)

"¿Pero qué del oro?" exigió Cortés. Cuauhtemoc ordenó que todo lo que él tenía en su canoa fuera traído adelante.

"¿Es todo lo que hay?" dijo Cortés. Un señor azteca le recordó al comandante español que ellos habían tomado todo el oro, pero que lo habían perdido en el canal tolteca cuando ellos huyeron de la ciudad el año anterior:

"Permítale a Cortés escuchar." el dijo. "Así es como ese tesoro fue hecho. Cuando Motecuhzoma estaba vivo, la guerra fue declarada y nosotros, los mexicas, los tlalteoloca, los tepanec, y los acolhua hicimos campaña juntos. Cuando conquistamos, cuando una ciudad se cayó, todos retornamos a nuestras ciudades. Sólo después la gente de las ciudades conquistadas venían a traernos sus tributos: jade, turquesas, oro, y plumas preciosas; fue todo traído aquí a Tenochtitlán… y ahora está perdido." (Códice Florentino)